タイトルにもその名がついている「ヴァイツ」とは、他のゲームで言う所のモンスターのようなもの。戦闘で「キャプチャ」コマンドを使って仲間にし、合成したりトレードしたりすることができる。各ヴァイツは「A」や「CAHDGBEF」といった遺伝子配列、「1-0」や「4-3」といった世代情報、アビリティなどの情報を持つ。
遺伝子配列とは、それぞれ特徴のあるA～Hの遺伝子の配列で、その組み合わせや並び方によって形態やパラメータなどが決定される。遺伝子配列はヴァイツを合成することで変化させることができ、その結果によって形態が変化する。
各遺伝子の特徴は以下の通り。
複数の遺伝子を持つヴァイツの場合、上位2つの遺伝子の特徴をバランス良く持ったヴァイツになることが多い。
新しいヴァイツを入手する方法は以下のとおり。
このうち、1.のキャプチャで入手したヴァイツは、2.～4.の方法で入手するヴァイツと比べて入手は簡単だが、入手時でのちから・たいりょく・すばやさ・まりょくの各パラメータが半分になってしまう。
ヴァイツは各地の町にある「合成屋」や、特定のキャラが使用できるアビリティ「シンセサイズ」を使うと合成することができる。合成では先に選ぶヴァイツが基本となり、後に選ぶヴァイツは遺伝子や世代などの情報を加えるだけになる。
ヴァイツを合成すると遺伝子配列が変化し、配列の左から2番目までの遺伝子と世代に基づいた形態が反映される。合成後のヴァイツの遺伝子配列は
という法則で決定される。
ヴァイツの形態が変化した場合、新しい形態のヴァイツが持つアビリティを習得することができる。形態変化を繰り返せば、どんどんアビリティを増やすことが可能。ただし覚えられるのは最大で24個までで、それ以上覚えようとすると古いものから消えてしまう。また、各アビリティには保持するために必要な遺伝子があり、それが遺伝子配列の左から4番目以内から消えてしまうとそのアビリティを忘れてしまう。
合成の成功率は合成屋によって異なる。シンセサイズの場合は、ウィルならレベルが上がると成功率が上昇し、ルカは常に100%の成功率となっているらしい。ただし、同じヴァイツ同士の合成や、違う世代のヴァイツ同士の合成は不安定な要素となって失敗率が上昇するようだ。
一部の特殊な組み合わせで合成した場合は、世代や遺伝子配列に関わらず、ボス級の特別なヴァイツに形態変化することがある。その組み合わせはヴァイツデータベースを参照。
世代とはヴァイツのランクのようなもので、第1世代から第5世代まで存在する。同じ遺伝子配列でも、世代が高いほうがより強力なヴァイツになる。そのほか、素体である第0世代や、特殊な合成方法でしか出現しない世代を無視したヴァイツも存在する。
世代は同じ世代のヴァイツを加える合成を5回繰り返すことでひとつ上げることができる。「1-0」や「4-3」といった世代記号は、それぞれ「第1世代のヴァイツで、同世代合成は0回」「第4世代のヴァイツで、同世代合成は3回」ということを表している。また、同世代合成を行うと、各パラメータが1ずつ上昇するという効果もある。
ただし、違う世代のヴァイツを加える合成を行っても世代やパラメータは上がらず、単に遺伝子配列が入れ替わるだけとなる。また、第0世代の素体は素体同士でしか合成できない。
後から加えたヴァイツのパラメータやアビリティ等は全く受け継がれないため、合成を繰り返してヴァイツを強化する場合は、必ず基本となるヴァイツを最初に選ぶこと。順番を間違えると取り返しのつかないことになる。
一般的に強力なヴァイツは、レベルアップ時のパラメータの上昇率が高い。ヴァイツはなるべく早く合成によって世代を上げることで、高いパラメータを実現することができる。
上位のヴァイツともなると初期パラメータも高いが、初期レベルも高く成長させにくい。一方、下位のヴァイツをレベルが低いうちから合成を繰り返し、世代を上昇させた上でレベルアップさせれば、低レベルながらパラメータが物凄く高いヴァイツを作ることができる。序盤から様々なテクニックを用いて強力なヴァイツを作るのも良いが、合成を繰り返した方がより早くパラメータの高いヴァイツを作ることができる。
複数の遺伝子からなるヴァイツ（例：AB）よりも、単一の遺伝子からなるヴァイツ（例：C）の方がパラメータの成長率がおよそ1世代ぶんぐらい高い傾向がある。ただし、素材となるヴァイツの入手が難しかったり（Gのヴァイスン辺りは高難度）、形態変化の回数が少なくなるために最終的に入手できるアビリティが少なかったりというデメリットもある。もっとも、アビリティなど必要ないほどの強さになるが。