これからはロマリア研究所で合流したメンバー全員が仲間になる。ロマリア空港へ戻りチョンガラに話し掛けると、グレイシーヌへ行くことになる。
町へ行っても何も無いので、とにかくラマダ寺へ。イベントでサニアが仲間になる。
図書館へ行くとイベント発生。2階へ行くと進行。盗んだ男と同じ姿の男を捜しに行く。同じ姿の男は町の中の全ての建物の中および建物の外にいる。図書館2Fにいる刑事も含めて全部で11人。11人に話したら、刑事に話し掛けるとイベント進行。
イベントが発生し戦闘。
ラマダ寺のさらに上にある山へ行く。イーガがラマダ真拳を修得する。
ペイサスの下の方に出現するポイント。列車砲の射程範囲内に入ると、敵味方関わらず次のターンにダメージを受ける。なのでなるべく避けて戦う。逆に敵を射程範囲内に入れると有利。
ここでグレイシーヌの一連のイベントは終了。以後、ラマダ寺で修行（経験値は無し、サバイバルまたはタイムアタック）ができるように。ラマダ寺での修行でハイスコアを出すと、アーク1で「ヘモジー」を仲間にしている場合は「アンチヘモジー+8」をもらえ、仲間にしていない又はコンバートしていない場合は「ヘモジー」が仲間になる。
これからシルバーノアに乗って世界を自由に駆け巡ることが出来るようになる。ギルド仕事をこなしたり、チョンガラの店に行ってコンバートしたアイテムを入手したり、召喚獣を仲間にしたりできる。
アーク1からデータをコンバートしていなくても、ある程度のアイテムはチョンガラの店にある。召喚獣は以下の場所にいる。「フウジン」：水の神殿、「ライジン」：アゼンダ高地、「オドン」：チョンガラの店
フォーレスとブラキアの2つの目的地があるが、どちらから攻略してもかまわない。敵のレベルはフォーレスのほうが低いので、フォーレスを先に攻略するほうが楽。
ラムールへ行ってもどうしようもないので、まずはホルンへ。リーザの家へ行くと戦闘。
宿屋へ行き、「勝手に泊まる」を選ぶとイベント開始。町の外へ出た後、ギーア寺院へ。なお、泊まった後はフォーレスをクリアするまで他の国へは行けないので注意。
入り口で戦闘後、中へ。最初は中央には行けないのでまずは周りから。祭壇の見えるフロアの最上部へ行くとイベントが発生、祭壇にいた人がいなくなり中央に行けるようになる。祭壇を調べ、、隠しスイッチを押すと中に入れる。
隠しスイッチで入ったフロアから先はしばらく特殊能力が使えなくなるので、直接攻撃に優れたキャラで臨むといい。やり直しのきくフロアでは、石の柱を押して、光っている床の上に動かす。光っている床がスイッチになっていて、扉が開くかモンスターが出現する。場所によっては2つ重ねて足場にすることもある。邪魔な扉は、別の部屋のスイッチで開く。
最上部で教皇と戦闘。リーザが強制参加。戦闘前のイベントで、イーガの退魔光弾でバグってフリーズする場合があるので、セーブはこまめにとっておくのが無難。敵を全滅させるとフォーレスはクリア。ギーア寺院には入れなくなる。
宝箱から「ウィンディー」「ハチェット」「ブラックウェア」「アースブレイド」「ヂークパンチ」「グランドファング」を入手。
2つ町があるが、イベントが発生するのはこちら。入ると戦闘になる。戦闘後、左側の家にいるジンバと話す。
目的は最深部に行くことのみ。
グルガの家へ行き、グルガと話してから家の外に出る。その後宿屋に出るが、もう一度グルガの家に行く。
トロッコは前に立って調べると乗ることができる。レバーはポイント切り替えができ、切り替えるとトロッコのルートが変わる。壁についているスイッチを押すと溶岩が消えるなどの効果がある。途中、ウェアタイガーがトロッコに乗りたがっている。乗せてあげると戦闘を回避できるが、自分で乗っても戦闘になるだけでメリットは無い。モンスターが乗ってきたトロッコにも、他の場所に通じるものがあるので要チェック。
2つ目の回復ポイントの先でレイガルと戦闘。グルガが強制参加。敵を全滅させるとブラキアはクリア。
宝箱から「フェザースタッフ」「バトルスティック」「ライトニングエルボー」を入手。
酒場にいるロアンにサニアを表示して（R2で切り替え）話す。その後シルバーノアに乗り、新しくワールドマップに出現する「海底油田」へ行く。イベント後、またアジャールへ戻りロアンと話す。
フリーバトルエリアではなく、ダンジョンになっている森。抜けたら一度準備のために戻れる。戻ると「列車砲陣地」のポイントが出現し、もう一度通過する必要は無くなる。
イベントで爆弾を2種類渡されるが、その使い方について気にする必要は無い。巨大列車に乗り込むパーティー（エルクとサニアが強制参加）と、おとり部隊（アークが強制参加）の2つにパーティーを分割する。そのため、「ネックレス」などを使用する場合は注意が必要。おとり部隊は単に敵を倒せばOK。戦闘後、突入部隊が自動的に巨大列車の中へ。
マップ内に見える赤い線はセンサーで、触れると部屋の入り口に戻されたり、戦闘になったりする。あちこちにあるスイッチで消したり、向きを変えたりできる。エレベータ奥に部屋があったりするので注意。最深部にいる敵を倒せばクリア。巨大列車と軍本部には入れなくなるが、トヨーケの森などに行けるようになる。
宝箱から「ウィンドファング」「ロックシューター」「キラーサウンド」「ヂークガン」「ポールアックス」「魔導の杖」「ダークファング」「メモリーズ」「ロングポール」「ダークウェポン」を入手。
ロアンに話すとイベント。
サニアが強制参加する。先頭にいるのでやられないよう注意が必要。
マップ内にあるパイプは、調べると自動的に中をくぐって移動する。パイプを吊っているクレーンの側にあるのが操作レバーだが、電源スイッチを入れないと動かない。回復ポイントの近くにある脱出用潜水艦の位置を覚えておいたほうがいい。宝箱を全て取るためには、途中で3本のパイプが並んでいる場所で最初に左に入る。次は中央または右、その次は右、中央、右の順で入る。
休憩室隣にあるエレベータに乗ると最深部へ行ける。最深部でヤグンと戦闘。サニアが強制参加。強敵という程の敵ではない。
戦闘後、20分以内に脱出用潜水艦を使って脱出しなくてはならない。最初は入れなかった部屋に手配モンスターや宝箱が存在するので、余裕があれば行くといい。脱出するとミルマーナはクリア。海底油田は消滅する。
宝箱から「ルビー」「炎」「復活の薬」「羅刹」「究極の生命の木の実」「スタッドレザー」「レコの草」「究極の弱りの薬」「ちからの実」「レイソード」「クラウンナイフ」「シャインファング」「パロの実」「魔法のりんご」を入手。
アミーグとバルバラードの2つの目的地があるが、どちらから攻略してもいい。敵のレベルはアミーグのほうが低いので、アミーグから攻略するほうが楽。
入ってすぐのイベント後、酒場にいる2人組に話し、「よろしく頼む」を選ぶ。その後、長老の家の前にいる2人に話すと中に入れる。長老に会うと10000Gを請求される。払わないと先へ進めないので払う。進む際は上の出口から。
マップ画像付きの詳細情報は神の塔エリアガイドにて。
丸いワープゾーンはフロア間を、三角のワープゾーンはフロア内を移動する。黄色い枠の丸ワープは上のフロアへ、青い枠のは下のフロアへワープする。やり直しのきくフロアは、床に乗ると4方のマスの床と障害物が入れ替わるようになっている。左側にある床から入り、右を大きく迂回すると抜けられる。6つ並んだ三角ワープは、左から2番目が正解。10Fにある三角ワープに入ると、なぜか入り口に戻される。11Fは左のスイッチで丸ワープの行き先を変える。右は戦闘になる。
最上階でグロルガルデと戦闘。戦闘開始からグロルガルデが2回行動するまでこちらは一切行動できない。HPの低いキャラは出さないのが無難。倒すとアミーグはクリア。神の塔には入れなくなる。
まずはピラミッドへ行って砂嵐を見てからムハドへ。ギルドにいるラタと話した後、外に出ようとするとイベント発生。今度は酒場へ行って話す。
戦闘になる。レイブンを倒すと戦闘終了。その後の選択肢はどれを選んでもいいが、「見逃す」を選ぶと「エメラルド」をもらえる。
酒場へ行き、ラタと話す。自動的にサリュ族のキャンプへ移動。
ナムのテントでイベント発生。アークが一時パーティーを離脱する。
マップ画像付きの詳細情報はピラミッドエリアガイドにて。
イベント後、アークが復帰して戦闘。
ピラミッド内でスフィンクスの出してくる問題を間違えると戦闘になってしまう。問題の答えは「生まれてくるとき…」→「人間」、「用心棒の名前」→「用心棒ジェフリー」、「G」→「ゴッズ」、「風の反対」→「地」、「自由な生き物」→「鳥」、「モンスターの名前」→「イービルアイ（しりとり）」。
流砂に乗ると流れる方向へ強制移動し、指の描いてある床は、その指差す方向へ強制移動する。穴に落ちると、下のフロアで戦闘になる。B1にある宝は、1F中央の穴に落ちると取れる。落ちるためには、指マークだらけのフロアの下のほうから入り、前方右側の床に乗る。上に行くためには、右のほうから入り、前方下の床に乗る。3FではスイッチをONにすると流砂の流れを変えて最上階へ行く。
最上階でカサドールと戦闘。フロア下側にある宝箱は、ゴーゲンのテレポートで取りに行く。倒すとバルバラードはクリア。ピラミッドには入れなくなる。
宝箱から「ライトセイバー」「アビューザー」「ヘルクラッシャー」「デルタガード」を入手。