飛行船で来るとイベント発生。神殿にいるククルに2回話し掛けてパレンシアへ。
パレンシアには何も無いのでこっちへ。トッシュを表示（R2）させて酒場のマスターから情報を得て外へ。イベントでシルバーノアへ戻る。
トッシュがパーティーを離脱。ククルに話すと進める。トッシュを追うメンバーを、アークを含めた4人選ぶ。
ここからはリーフの珠が無いため、しばらく帰って来れないので注意。
マップつきの詳細な攻略は、パレンシアタワー地上部エリアガイドに掲載。
入ってすぐの戦闘でトッシュと合流し5人パーティーになる。倒したら、マップ上方のエレベータに乗ると上へ進める。
開かない扉はスイッチを切り替えると開く。斜めになっている上り階段は、1歩前に立つと上ることが出来る。赤いスイッチを押すと、エレベータの行動範囲が広がる。エスカレータは、横にある三角スイッチで上りと下りを切り替えられる。床で光っているのはワープゾーン。エレベータを99階行きにするスイッチを押した後、さらに何度もON/OFFを繰り返すと、なぜか77階へ行ける。77階には宝箱がたくさんある。
99階に到達した時点でイベントが発生し、トウヴィルに残ったメンバーの中から、エルクを含むパーティーがククルを護衛する戦闘になる。ククルがやられるとゲームオーバーだが、聖なる魔人は強力な遠距離攻撃を持っていないので、ククルを左右と下の3方向から守ると安全。
最上階でトッシュ1人で対モンジ戦。レベルはトッシュに合わされるので、さほど強くはない。戦闘終了後、全員でネクロマンサーたちとボス戦。
タワークリア後、自動的に移動し、そのまま過去へ行くイベント。過去に行けるのは人間キャラ1人だけ。リーザを選んだ場合、過去でもラヴィッシュでモンスターを仲間にすることは可能だが、実際に戦闘に参加させられるのは元の世界に戻ってからになる。
岸壁にいるククルに話す。その後ククルを仲間にして3連戦。戦闘後パレンシアへ。
後戻りはできないので敵を倒して進むだけ。最深部で火の精霊に会う。
グレイシーヌに行けるようになる。
戦闘後、ラマダ山に行けるようになる。
戦闘2回の後、地の精霊に会う。
ニーデル行きに乗る。
町にたくさんある石像は押せば動く。左側の石像が密集している辺りにある宝箱は、一度左奥の家に入って出てくると取れる。中身は「ダークマスク」。右側のカギのかかった宝箱は、石像を闘技場の周りの正しい位置に押してセットすると取れる。闘技場の周りを調べると、さまざまなメッセージが出るので、そのメッセージの出るポイントの下に対応した石像をセットするといい。正しくセットするとカチッとはまって動かなくなる。
手順としては、まず闘技場の周りにある少年の像を「きたない字でラクガキしてある」の下にセットし、近くのおじさんの像を「よっぱらいがもどしたようなにおいがする」の下にセット。次に、左の密集地帯から少女の像を運び、「キャンディの包み紙が落ちている」の下にセット、密集地帯のおばさんを左に押してじいさんと女性をそれぞれ「つえでつついたようなあとがある」と「長いかみの毛が落ちている」にセット。最後はマップ左下のばあさんを「おせんこうの臭いがする」にセットし、マップ中央下の男性を「タバコの吸い殻が落ちている」にセット、マップ右下のおばさんを「買い物のメモが落ちている」にセットすると完了。宝箱から「スーパーブーツ」を入手できる。歩ける場所や引っかかる場所をしっかりチェックしておかないと失敗する。
マップ右上の家の中にいる少女と話し、闘技場へ。ククル1人で2連戦になる。プロテクションやディバイドを活用して戦うと少しは楽。戦闘後、ウォーロックと2人で戦闘。風の精霊に会う。
アララトス行きに乗る。
敵を倒すとゴーレムがある。ゴーレムをどけることはできないので一度引き返す。
町の真ん中あたりにいる人の話を聞いてから宿屋の右の部屋へ。宿を出て次は酒場で情報収集。次にマップ右下の家にいる医者から薬をもらい、宿に届ける。最後は、ショップにいる怪しい人からネックレスを1000Gで購入して宿に届ける。
敵を倒して奥へ行き、光の精霊に会う。現代に戻ってからここに来て墓を調べると「セローヌの形見」を入手できるが、役には立たない。
アリバーシャ行きに乗る。
ギルドへ行くとイベント発生。
戦闘とイベントのみ。
戦闘後、水の精霊に会う。
スメリア行きに乗る。
準備がいいと答えればトウヴィルへ。神殿で戦闘した後、すぐに現代に戻される。
シルバーノアで仲間と合流。すぐに北極と南極を攻略するためにパーティーを2つに分割。アークが北の塔、エルクが南の塔のパーティーに強制参加。
ふわふわしている球体を調べると、反対側の塔の氷の塊が消え、同時にパーティーチェンジが行われる。氷の床に乗ると直線移動してしまう。スイッチを押すと足場になるつららが出現。下をくぐれる天井があり、そのさきに宝箱があるので注意。
塔を出ることもできるが、その間パーティー変更ができなかったり、ヴィルマー博士が外出していたりと、各地で変化がある。もう一方の塔に行くと合流、パーティーを再編成できる。
北の塔の最上階でアンデルと戦闘。デスとキュアを使うので短期決戦で倒すのがいい。倒すと2つの塔はクリア。二度と入れなくなる。
北の塔の宝箱から「ドラゴンスケイル」「メタルアーム」「アメジスト」「デライトヒール」「氷の守り」を、南の塔の宝箱から「アイスファング」「氷の剣」「フレイのかみかざり」「グレイシャルダガー」「パロの実」「強力果物」を入手。
ロマリアトンネルに直接行っても戦闘になるだけなので町へ。入ったら戦闘。次に酒場に行こうとするとまた戦闘になる。酒場に入ったら、ダニーにトッシュかシュウを表示して話しかける。ダニーについてアジトへ。アジト内で戦闘。
10ターン持ちこたえる戦闘。敵は倒しても再出現する。戦闘終了後2Fへ。TYPE-Aクローンなどと戦闘。倒さないと進めない。
少し進むとレジスタンスと合流。アジトでは回復とセーブができる。5つの防衛壁はスイッチで消える。捕らわれているレジスタンスを助けるには、周りのロマリア兵に3回話し掛ける。
地下道には最初入れないが、ある程度進むと入れるようになる。5つの防衛壁を消して進んだ先も、地下道を抜けて進んだ先も同じ場所に出るが、地下道にも宝箱があるので行っておいた方がいい。。
地下道では、スイッチを回す（？）と渦のようなものが消える。出た先で戦闘後クリア。二度と入れなくなる。
クリア後、空中城に突入することになるが、一度突入すると二度と戻れなくなるので、一度は戻って準備するといい。
街の宝箱から「ガーネット」「デスロザリー」「タワーガード」「クレイジーフェイス」「ちからの実」「いい爆弾」「スタッフオブフォース」「ダークカード」「パロの実」「クラヴィスの本+4」「強力果物」を、地下道の宝箱から「ミューズ」「ライフスティーラー」「テリーの紋章」を入手。
マップつきの詳細な攻略は、空中城エリアガイドに掲載。
一度突入するともとの世界には帰れなくなるので注意。
入口近くの敵を倒すとシルバーノアに戻れるようになる。シルバーノアでは、回復・セーブ・ショップ・鍛冶屋・合成屋・マザークレア・EX分配機・モンスター図鑑が利用できる。
大きな三角錐の前にある赤い丸の上に乗るとワープ。途中に回復・セーブポイントがある。ここでセーブしてあることがアーク3へコンバートする条件になる。
セーブポイントの直後には、6つの部屋があり、それぞれ1人ずつが入れる。キャラ別イベントがある。6つクリアすれば先に進める。
4つの部屋の試練は、周りの4つの部屋の敵を倒すだけ。敵を倒した後、中央の水晶を調べると道が開く。
その奥でザルバド戦。
ザルバドと戦った部屋の上のほうのワープポイントに入ると最終ボス戦。
レベル上げをしたいのであれば、終盤に、倒しても何度も出現するドラゴンゾンビがいる部屋がいくつかあるので、そこでレベル上げをするといい。敵はアンデッドなので、ヂークベックも活用できる。