ちょこの覚醒イベントとは、最後までクリアできれば、ちょこが「かくせい」「ヴァニッシュ」の特殊能力を覚える他、出生の秘密が明らかになるイベント。
最後までイベントを進めるには、アーク1でちょこを仲間にしたデータをコンバートしていなくてはならない。コンバートしていない場合は、遺跡ダンジョンのB51以降には入れない。コンバートしていなくても、遺跡ダンジョン以前のイベントは体験することができるので、「赤いくつ」は入手できる。
アララトスにある遺跡ダンジョンのB50へ行き、ちょこを倒す。この作業は、アーク1で遺跡ダンジョンB50に行き、ちょこを倒してチョンガラの召喚獣にしたデータをコンバートしていれば不要。この時点でB50に向かうショートカットなどはないので、地道に降りていくしかない。
「時の森」はクレニア島にある。ちょっと見つかりにくいが、空港の近くにある小さな森。
1でちょこを仲間にしたデータをコンバートしていれば、シャンテがクレニア島に初めて行く頃にでも、時の森に行けばこのイベントは発生させられる。それ以外の場合では、ちょこを仲間にするまで時の森は出現しない。また、北極・南極攻略中も時の森は出現しない。
時の森の突破方法は2つ。1つは、自力で森を抜ける方法。時の森に入ったら、左→下→右→上→左→右→上→上の順または、左→右→左→右→左→右→上→上の順に進むとトココの村に出ることができる。もう1つは、ちょこにトココの村まで連れて行かれる方法。時の森に入ったり出たりを何回も（多分20回ぐらい）繰り返していると、森の中にちょこが出現し、かごの前に置いてある薬草を下から調べるとトココの村に行くことができる。ちなみに、この時のキャラの会話は、先頭にしているキャラによって異なる。
村の北西のほうにあるちょこの家へ。この時の会話も先頭にしているキャラによって異なる。
泊まりますか？という質問に「はい」と答えた後、ちょこの案内で村の中や森、墓地を見て回ると、最後にちょこが仲間になる。この際、ちょこを追い抜かして先に進んだりしてはいけない。ちょこに話し掛ければ大抵歩いていくので、それを追いかけるという形で進まないと、ちょこは仲間にならない。
ちょこのLVが55以上で、さらにミルマーナをクリアするぐらいまでストーリーを進めると、時の森に再び入れるようになる。それまでは森に入ってもちょこに追い出される。森に入ったら、上→上→上→上の順で進むと墓地に出られる。
墓地の中に入る入口は、西側の木の陰。東側にある大きな墓を、裏側から（上から）調べる。
一度入りなおすと、自動的にトココの村へ。
ちょこの家に入るとイベント発生。外へ出て情報を集めても情報は得られないので、もう一度家に戻る。裏庭に出る鍵は、左下のほうにあるガラクタの山（？）を調べると入手できる。鍵を入手したら、家の上のほうの扉から外に出て、その先にある墓（棒のような形）を調べてから、また家に戻る。
その後、外でグリーンスライムたちと戦闘。ここでグリーンスライムたちを全滅させてはいけない。グリーンスライムたちを全滅させてしまったら、この先のイベントは一切発生しない。ホールドエネミーや呪縛拳などを活用して動きを止めておけば、反撃で倒してしまうことを防げる。
村の南西に、墓地に抜ける道があるので、戦闘中にそこから出ればOK。そこに行くためには、通常の村の出口の左あたりからジャンプするといい。また、村の北東にある教会の屋根の陰あたりに、「赤いくつ」の入った宝箱が存在する。移動力の高いキャラで回収するといい。
宝箱から「赤いくつ」「魔力の葉」を入手。
さらに戦闘に入る。勝利条件は以前に調べた一つだけ大きな墓を倒す（破壊する）こと。この墓（ボス・とうめい）は特殊能力の攻撃対象として選択できないので、通常攻撃で。勝ったらトココの村に自動的に移動する。
イベントがあるだけ。一度時の森の外に出る。
北極・南極をクリアするぐらいまでストーリーを進めると、村に帰ることができる。この時からは、森を一回上に抜けるだけでトココの村（廃墟）に進むことができる。
村は廃墟になっている。ちょこの家から出ると、イベント後にコープスと戦闘。勝ったらイベント後にクレニアの宿屋へと自動的に移動する。なお、「父さま、おかわり！」を選んでもシナリオに変化はない。
アーク1でちょこを仲間にしたデータをコンバートしていない場合は、イベントはここで終了。この先のイベントは発生しない。
このイベントは、アーク1でちょこを仲間にしたデータをコンバートしていない場合は発生しない。
遺跡ダンジョンのB51以降に進む。B50にある大きな玉座を調べると、階段が出現する。B50に行くには、ちょこが案内する近道を通るとすぐに行ける。
B71まで進むとボス・アクラと戦闘。ちょこは強制参加で、アクラとの一騎討ちになる。他のキャラはザコ敵との戦闘。他のキャラが勝てば合流して再度アクラと戦闘。この戦闘に勝てばイベントクリア。
これでちょこが「かくせい」「ヴァニッシュ」の特殊能力を修得できる。「かくせい」を使うと、ちょこがアクラのような姿に変身し、「ヴァニッシュ」を使うことができるようになる。ただし、かくせい中は「メラメラ」等の通常ちょこの特殊能力は使えなくなる。再度「かくせい」を使うと元のちょこに戻れる。
一連のイベントはこれにて終了。