カウンター仕事はギルドの仕事の一種で、カウンターにいるギルド職員などに話し掛けて請けることができる。請けられる仕事はどこのギルドでも同じで、大抵のイベントはクリアしてもまた条件を満たせば出現する。それぞれの仕事は難易度別にランクDからランクSまでに分類されており、それぞれクリア時の報酬や得られる経験ポイントが異なる。この仕事をいくつかこなして、経験ポイントを10貯めることがハンター試験を受ける条件の一つになる。
今作では、自由に戦える場所がないため、この仕事を請けることで敵と戦ってカードを入手したり、クリアによる報酬によってお金を稼いだりすることになる。
カウンター仕事が発生する法則としては、
というのがある。例えば、同じグレリア平原で発生するいくつかのイベントのうち、一度に請けられるのは一つだけ。また、例えば同じランクDのCollectionの仕事も、一度に一つしか請けられない。他にも出現順が決まっていたり1度しか出現しないものもあるようだが、この原則さえ抑えておけば大抵の仕事は狙って出すことが可能になる。ランクDやランクSのように仕事の数が少ない場合は「更新」を使わないほうがいいこともある。
実例を挙げると、「緑の蛇皮採取」を出すためには、まずは「ストーンジェルの駆除」か「クスクルを捕獲せよ」を出しておいて、同じ下段左から2番目のグレリア平原のイベントを出ないようにしておく。その上で、「蛇の天敵ロック退治」と「盗人グドルの逮捕依頼」の両方を途中で更新せずにクリアすると、同じエリアのイベントが無く、さらに同じ位置に表示されるイベントも無くなるため「緑の蛇皮採取」が出現する。
また、「ダンデライオンの種採取」を出すためには、まずは「大繁殖したマイマイの駆除」が出ないように、上段左から3番目には「ジャイアントスライム退治！」か「エレメンタル退治」を出しておく。その上で「すざくの卵警護」をクリアして清算し、あとは「すざくの卵警護」が再出現するまでの間に下段左から2番目の仕事をいくつかこなしていれば、そのうちに出現する。
欲しいレアパーツカードなどを持っている敵を連続して狙う場合などに、同じエリアの仕事は複数同時に発生しないことを利用して、何度清算して更新しても同じ仕事を請けられる状態を作ることも可能。
出したい仕事とギルド画面で同じ位置にある仕事（更新すると出てきてしまう仕事）のエリアと同じエリアの仕事を片っ端から出しておけば、邪魔な仕事は出現できなくなるため、結果的に1つの仕事だけを連続して請けられるようになる。
ただし、再出現までに時間のかかる仕事や、請けるのに順序があるタイプの仕事は固定することができない。