人間か魔族かの難しい選択を迫られるが、どちらを選んでもその後の展開に大きな違いは無いので、好きなほうを選んで構わない。選んだほうのパーティーで、もう一方のパーティーと戦闘。相手の強さは自分で鍛えたものとは違うので、弱いほうのパーティーを選んでもちゃんと勝てる。
マリュスの塔でのイベントが終わった後、最初に選んだほうのパーティーが自由行動となる（アルド大陸には行けないが）。人間側のパーティーでもアゼルの泉に行くことが可能。空中城に一度入ってしまうともう出られなくなってしまうので、やり残したことが無いようにしてから先に進むといい。最初に選んだパーティーが空中城に突入したら、もう一方のパーティーも自由行動となる。2つのパーティーを空中城に突入させれば最終ダンジョンへ。
一応、突入前に済ませておくべきことの一例を挙げるとすれば、
といったところ。特にパーティーの平均レベルは低くとも25までは上げておかないと、空中城内部で相当の苦戦を強いられることになる。お金はかかるが、闘技場に挑みつつレベルを上げるというのがいいだろう。また、終盤は光属性攻撃と闇属性耐性が重要になってくるので、ヒカリゴケや黒の護符をいくつか用意するといい。
空中城の入口はマリュスの塔の右側にある。一度突入したら、二度と元の世界には戻れないので注意。内部はかなり広く敵も強力だが、無限ループなどは存在しない。
突入時にはパーティの平均レベルは低くても25、できれば30以上は欲しいところ。ヂークベックとちょこを仲間にするだけの戦力があれば安心して挑める。
パーティーが、カーグ・ポーレット・ガンツ・デルマ・ヴォルク（・ヂークベック）になる。パーティーアイテム等は人間側のものになる。
ヘルカイト3体・レッサーデーモン3体と戦闘。次のフロアではゴーレム3体・ログナスゴルモン4体と戦闘。戦闘後に、フロアの奥のほうにある石に触れる。次のフロアでも同様に石に触れると先に進む道が完成する。次のフロアで闇にうごめくもの4体・イービルアイ4体と戦闘。奥のエレベーターから先に進む。
パーティーが、ダーク・カトレア・ベベドア・マル・タチアナ（・ちょこ）になる。パーティーアイテム等は魔族側のものになる。
3つの部屋の敵を倒し、それぞれ石に触れるとエレベーターが動くようになる。左の部屋でガントラップ4体・ショットガントラップ4体と戦闘。下の部屋でイービルアイ4体・闇にうごめくもの4体と戦闘。右の部屋でＰＡ－２００ 4体・ＳＡ－１００ 3体と戦闘。下のほうにいるLv30のＰＡ－２００から「ユニット１２８Ｋ」を入手できる。3つの部屋をクリアしたら、エレベーターに乗る。
ベベドアを追ってエレベーターに乗ると、ベベドア・アルティマ2体と戦闘。ベベドアを倒せば勝利になるが、ベベドアはダメージを与える度にワープする。面倒なら、コンディションを下げた飛炎で倒してしまうといい。2体のアルティマから「くまのマスコット」「ゴーレムのおめん」をそれぞれ盗める。どんどん出てくる謎の球体からは高確率で精霊石が入手できるので、戦闘中に補給が可能。戦闘後は、2つあったエレベーターのもう一方に乗って先へ進む。
2つのパーティーが合流して1つのパーティーになる。これからの戦闘では、戦闘参加メンバーを中から6人選ぶことになり、全員参加はできなくなる。また、パーティーアイテム等も統合される。操作キャラをカーグにした場合は人間側キャラがメニューの上側に、ダークにした場合は魔族側キャラがメニューの上側にくる。どちらを選んでも、後の展開にはあまり影響を及ぼさない。また、ショップ・回復・セーブポイントが存在する。
入ってきたエレベーターから左は戦闘のみ。上へ進むと宝。右へ進むと先に進める。ここからは特定のフロアに入ると確実に戦闘に入り撤退はできないが、ヂークベックとちょこの戦闘参加は可能。最後のフロアにセーブポイントあり。
宝箱から「1000G」「鋼裂星、魔王の数珠」「強力救命キットx3、魔王のリボン」「天使の像、氷の魔よけ」「精霊石x180、生命の木の実x2」を入手できる。
2階層に分かれている。入って下のフロアと、その左のフロアにあるエレベータに乗ると、宝のあるフロアへと行ける。最初の階層の左の方へ進むと先へ進める。右の方は戦闘のみ。入って左のフロアから上へ行くと宝がある。最後のフロアにショップとセーブポイントあり。
最初の階の宝箱から「精霊石x240、四式赤光レンズ試作」「最強の薬草x4」「3600G」「赤の護符x2、炎の魔よけ」「バトルジャケット、ちからの実」を、2階層目の宝箱から「デュエルスパイク、光の魔よけ、白の護符」「巨人の刃、精霊石x240」「超伝導コイル、ライフリング、黒の護符」「精霊石x200、生命の木の実x2」を入手できる。
このフロアも2階層に分かれている。最初の階層は、横5マップ×縦3マップのマップになっており、外周はすべて繋がっている。外周の右側と、外周左下から入れる部屋に宝箱がそれぞれ存在。2階層目の中央から上に進むと宝箱があり、下のエレベーターに乗ると先に進める。
最初の階の宝箱から「緑の護符x2、嵐の魔よけ」「魔導師のおめん、ダイヤコート」「最強の薬草x3、みなぎる果実x2」「ぴかぴかの鼻」「4600G」「グリーンマキシマム、光の弱りの薬x2」「精霊石x280」を、2階層目の宝箱から「大地の魔よけ」「精霊石x360」「精霊石x280、生命の木の実x2」「猛き闘神の刃」「レコの草x2」を入手できる。
大扉に入ると最後の決戦となり、戻って来ることができなくなるので、準備はその前に済ませておくこと。ショップ・回復・セーブポイントが利用できる。また、この後の戦闘では空からの支援攻撃は一切使用できなくなる。
闇の中に入ったら、カーグを操作しているなら右下の方へ、ダークを操作しているなら右上の方へ進み、そばに誰もいない炎（？）の近くへ行く。その後、メシムゲン6体と戦闘。メシムゲンに攻撃すると、戦闘に参加したキャラクターのいずれかに対応した人物（闇の中でキャラクターが見ていた人物）の姿が見え、対応したキャラクターのみがダメージを与えられる。対応していないキャラクターで攻撃してしまうと、2ターンの間メシムゲン化させられ味方を攻撃してしまう。それぞれを対応したキャラクターで3回攻撃して倒せば勝利。パーティーのうち、誰か一人でも戦闘不能になると敗北なので注意。
次に、リリアゲットマン・メシムゲン6体と戦闘。リリアゲットマンを倒せば勝利。メシムゲンは先ほどの戦闘とは違い、普通の敵キャラとして出現。リリアゲットマンは強力なダークエクストリームなどを使用するが、メシムゲンを倒しておけばそれを復活させるので、メシムゲンを倒して攻撃を封じることが可能。また、リリアゲットマンもメシムゲンも光属性に弱い。勝利したら最終決戦へ。
最終ボスとの戦闘。HPは5000程度。最終ボスは通常、ブレインセルを呼び出してくる。このブレインセルを倒すと、最終ボスを守っている闇が少しずつ晴れて、最終ボスの防御力が低下する。5体倒すと闇が完全に晴れて、最も大きいダメージが与えられるようになるが、次の最終ボスのターンで強力な闇属性のレーザーを放った後に闇を再びまとってしまう。また、闇が残っている状態でも、最終ボスにある程度接近するとHP吸収攻撃を使ってくる。
戦闘に参加させるメンバーとしては、「気勢を上げる」を使用できるカーグやダーク、光属性攻撃と「エレメントガード」を使用できるタチアナ、集団ステータス上昇能力が揃っているデルマ・ヴォルクあたりを選ぶといい。あとはお気に入りや強いキャラを選んでいいだろう。もしヂークベックやちょこがいるならば非常に戦闘が楽になるが、この2人を仲間にできる程のパーティーなら誰を選んでも大丈夫だろう。
まず、闇属性耐性をつけることで受けるダメージをかなり軽減できるので、デルマ・カトレアの「マジックシールド」またはタチアナの「エレメントガード」を最優先で使うといい。「闇の守りの薬」よりも特殊能力のほうが効果が大きい。それから、その他のステータス上昇系能力も可能な限り使用しておいたほうがいい。また、最終ボスは光属性に弱いので、光属性攻撃をできるだけ繰り出せるようにしておきたい。装備なら「ヒカリゴケ」「光水晶の矢じり」、特殊能力なら「Σ－ストーム」など。
戦法としては、ブレインセルを5体倒して防御力の下がった所を総攻撃するというのが理想だが、パーティーの素早さが低くて総攻撃ができない場合は、ブレインセルを4体倒した時点で攻撃してもある程度のダメージは与えられる。また、最終ボスが闇をまとっていても、TNSをためて合体攻撃を繰り出せばダメージを与えられるので、「ラマダの妙薬」やカーグ・ダークの「気勢を上げる」でTNSを上げながら戦うのも有効。
倒せばエンディングへ。最後にセーブしたデータをロードすると、カーグ編では「100000G、精霊石x999、強力救命キットx50、みなぎる果実x10、ダイヤコートx3、王様の像」を、ダーク編では「100000G、精霊石x999、ディルズボムx50、みなぎる果実x10、ダイヤコートx3、ロマンシングストーン」を所持した状態で最初からプレイできるようになる。