この段階で、ギルドの仕事および手配モンスターが一新される。一度全部の仕事と手配モンスターを片付けた町のギルドにも、再び新しいものが現れる。なお、これまでにやり残したことがあった場合、それは二度と請けられなくなる。ただし、シュウがいないので手配モンスターからアイテムを盗むことができない。貴重なアイテムが多数あるので、手配モンスターを倒すのは、シュウが仲間になってからにしたほうがいい。
その他、フリーバトルエリア等のモンスターが変更される。
図書館の2Fに行くと、以前に別れたマーシアを再び仲間にできる。
ロシュフォール別荘へアレクを連れて行くと、アンリエッタを仲間にできる。
ほとんど一本道のダンジョンだが、途中に滑る床があり、乗る場所を間違えると穴に落ちたりしてしまう。正しいルートは、最初：右から2番目のマスに乗り、左、上、右、上の順に進む。次：右から5番目のマスに乗り、左、下、左、上、右、上、右、上、左、上、左の順に進む。最後：下側右から2番目のマスに乗り、左、上、左、下、左、上、右、上、左、上、左、上。
最深部近くでボス戦。攻略法は神の塔で戦ったボスと同様でもいいが、エルクがインビシブルを覚えていれば、インビシブルをボスの隣に立って使い、オトリにしてもいい。HPは約600。
倒したら最深部にある機械を調べればクリア。
「アイスセイバー」「ブリザードスピア」「蒼い宝石」「ブルーリング」「ハイヒール」「アイスナイフ」
アーク3では無限ループあり面倒な仕掛けありの大迷宮だったが、今回はそれらのほとんどが無くなって普通のダンジョンになっている。内部は広いが、特に迷うところはないはず。最深部で機械を調べればクリア。ボス戦なども無し。
「コンフュスピア」「風の剣」「タンザナイト」「シルフィード」「賢者のローブ」「ストームサリッサ」「デスクリムゾン」「ミスティックナイフ」「ラークの紋章」「キャッツアイ」「ボロックナイフ」「ハルピュイアブレスト」
ここに入ると、次のダンジョンをクリアするまで戻って来られないので、準備はしっかりしておくといい。
入るとエルクとボスの一騎討ち。今回ばかりはインビシブルのオトリ作戦が通用しないので、エルクのレベルが十分に上がっていないと勝ち目はない。攻略法としては、とにかく後ろを取られないように戦うとか、回復アイテムを多めに持っていくとかしかない。マジックシールドLv3を使えば、敵の特殊能力のダメージを大幅に軽減または無効化できるので、それだけは常にかかっている状態にしておきたい。HPは約600。
勝てば「エネルギーカプセル」を入手。入手した「エネルギーカプセル」を使うと、すぐにパーティーからフィニアが抜け、MMM空中戦艦へと自動的に移動する。
この時、フィニアの代わりに一人、別の仲間キャラクター（アレク、リーザ、マーシア、アンリエッタ、ちょこのいずれか）が入って3人パーティーになる。それまでに4人目以降の仲間キャラを育てておかないと苦しい展開になる。なお、フィニアが抜けるとパーティーが2人しか残らない場合（つまりリーザ、マーシア、アンリエッタ、ちょこのいずれも仲間にしていない場合）に限って、シュウが仲間になる。
このダンジョンはクリアしないと帰ることはできないが、クリアすると二度と入れなくなってしまうので、隅々まで探索しておくことをおすすめする。
まずは下のほうに2つあるパイプ（？）のうち左側に入り、左上の方へ進む。┣の形の場所に出たら、右に入ると先に進める。今度はマップ中央あたりの部屋へ行くとコンピュータがあり、それを調べるとロックを解除して先に進める。次のロック解除は左下の方にある。
8つのコンピュータでかかっているロックは、「机の数、手術台の数、コンテナの数」を数えて順に入力すれば解除できる。机が3つ、手術台が2つ、コンテナが18個あるので、3、2、1、8の順に入力すればロック解除できる。
最深部でボスと2連戦。攻撃のほとんどは単なる物理攻撃だが、その威力は半端なものではない。Lv60程度のキャラなら、999ダメージを受けて一撃でやられてしまうことも。攻略法としては、通常攻撃が多いのでオトリ作戦が一番。インビシブルまたはリザレクションを使うといい。レベルが低くてダメージが思うように出ないときは、攻撃魔法の中では、ディバイドが一番ダメージが安定する。2連戦だが、両方とも同じ方法で倒していい。MPが足りなくなったら早めの回復を。ちなみに、第1戦のHPは約800。第2戦のHPは約850。
勝てばイベントクリア。二度とこのダンジョンには入れなくなる。フィニアがパーティーに復帰し、シュウが仲間になっていない場合はここでシュウが仲間になる。
「力の実」「デススコーピオン」「デコレーター」「ドラゴンウィップ」「デライトヒール」「魔力の葉」「闇の剣」「セイクリッドロッド」「ブルーライトニング」「レコの葉」
この段階で、ギルドの仕事が新しくなる。また、シュウが仲間になったことで手配モンスターからアイテムを盗むことが可能になる。貴重なアイテムが多数あるので、先に進む前に是非手に入れておきたい。さらに、フリーバトルエリアやダンジョンの敵が変更される。
入るといきなりイベントが発生して、新しいワープゾーンができるので、そこから地下に入る。
地下は1フロアに1つのロックされた扉と、解除用コンピュータが存在する。ロックを解除するコンピュータは、モンスターの出現する部屋（複数ある場合はそのいずれか）にあるので、ロックを解除するためには部屋のモンスターを倒さなくてはいけない。しばらくは同じ手順で進む。
ワープゾーンが4つある場所に出たら、左上のワープゾーンに入る。それ以外は全てハズレなので注意。ハズレに入ると、神の塔の内部のどこかへ飛ばされてしまう。左上のワープゾーンに入ると、最終ロックが解除できるが、ワープゾーンでは戻れないので、最上階から普通に下りていくしかない。
最終ロックを解除して、ロックされていた扉に入るとボス戦になる。
「ルーンブレイド」「ルーンロッド」「ルーンダガー」「レイラの鏡」「フレイの髪飾り」「みなぎる果実」「バルムンク」「月光の胸当て」
まずはロゴス戦。HPは推定1000程度と高いが、こいつに苦戦するようではこの先の戦いは厳しいので、レベルを上げて再挑戦したほうがいいかも。今までのボス同様、インビシブルと特殊能力でさっさと倒してしまおう。
次にグロルガルデ戦。HPは推定600程度。戦闘能力はそれなりに高いが、インビシブルなどを使えば苦戦する相手ではない。
最終ボス戦。周囲に何種類か敵が出てくるが、本体のガルデコアさえ倒してしまえば勝利。普段は何もしないか、全体に300ダメージ程度の攻撃をしてくる。ガルデコアは防御力も魔法防御力も非常に高く、Lv80程度の攻撃ではビクともしない。その上、HPが減少してくると自分のHPを300程度も回復してしまうので、短時間に攻撃を叩き込む必要がある。
最初に周囲にいるのはカコムモノ。特に攻撃はしてこないが、ガルデコアに接近する妨げとなる。カコムモノを4体倒すと、次はグロルワイヤーとグロルフィーラが出現。この間が一番厳しい。グロルワイヤーはガルデコアと同じ全体攻撃をしてくるので、回復が追いつかなくなる可能性があり、グロルフィーラはガルデコアと同じ回復能力を使ってくる。この2体を倒せば、後はガルデコアのみが残る。
攻略するには、エルクのストライクパワーとマジックシールドが重要になってくる。ストライクパワーをかければ、多少攻撃力が低くてもダメージを与えることができ、マジックシールドをかければ、強力な全体攻撃のダメージも0に抑えてしまうことができる。特殊攻撃のダメージには期待できないので、ストライクパワーL3を全員にかけ、通常攻撃で攻めるのがいい。パーティーにシュウがいるなら、テンダリーショックが有効なので、かけると楽に戦えるようになる。
どうしてもダメージが足りないという場合は、マジックシールドをあえてかけずに、ラッシュモードを活用するという手もある。その場合は、攻撃モーションの早いハンドガンあたりで一気にたたみかけるといい。
グロルワイヤーとグロルフィーラが出現したときは、防御力の低い回復役グロルフィーラを真っ先に倒すといい。
戦闘に勝てばエンディングへ。一応、クリア後のお楽しみ要素などは特に無い。