カード合成とは、2枚のカードを組み合わせて新しい1枚のカードを作るというもの。イピスティア大陸・サルファスとラグナス大陸・ユーベルの2ヶ所のカードショップで行える。この方法でしか入手できないカードも多数存在するが、キャラカードは合成で入手することはできない。確実に合成を成功させるためには、正しい合成レシピ（組み合わせ）と、完成後のカードを得意とする職人の組み合わせが必要になる。合成レシピについては、以下の各ページを参照。
例え合成レシピが分かっているカードでも、2枚以上同時に合成したりすることはできず、毎回材料となる2枚のカードと職人を選択しなくてはならない。
合成の結果は、
の3種類に分かれる。合成時の演出はランダムのようだが、炎の演出や合成職人の顔が映る演出の場合は、合成レシピが正しい。
2番目の「Combo Failed」の場合は、合成に使った2枚のカードは消滅せず手元に戻ってくる。
3番目の「Bad Combo」は、合成レシピは正しいのに職人が違うという場合に時々発生し、全く別のカードが生成されてしまう。そのカードの中には「ロマンシングピース青」「ヒーリングロッド」「セウムカード」といった割とレアなカードも混ざっているので、わざとこれを狙ってみるのもいい。
「Bad Combo」の起こりやすい組み合わせがあるのかどうかは分からないが、「Bad Combo」を狙うなら、ハンターランクをHero以上にして、ユーベルで布の服と拳法着を買い込んで「ゼロテ」以外の職人にどんどん合成させるのがおすすめ。元の値段が安い上、合成成功してしまっても売れば660Gの利益が出る。